1959-60 sezonu öncesinde ligdeki takım sayısının 20'ye çıkarılması kararlaştırıldı. Bu bağlamda İstanbul, Ankara ve İzmir'de gerçekleştirilen eleme grupları sonrasında oluşturulan 6 takımlık Federasyon Kupası'nın final grubunda ilk dört sırayı alan Kasımpaşa, Şeker Hilâl (günümüzdeki adı Turanspor), Feriköy ve Altınordu, 1959-60 sezonunda ligde oynamaya hak kazandı. Önceki sezonun aksine çift devreli lig usulüyle düzenlenen sezonu şampiyon olarak tamamlayan Beşiktaş, lig tarihindeki ilk şampiyonluğunu elde etti. Ligin son üç sırasındaki Adalet, Hacettepe ve Altınordu; İstanbul, Ankara ve İzmir liglerini ilk sırada tamamlayan Eyüp, PTT (günümüzdeki adı Türk Telekom) ve İzmir Demirspor ile Adana Demirspor'un oluşturduğu yedi takım arasında, sonraki sezon Millî Lig'de yer alacak takımları belirlemek amacıyla tek devreli baraj maçları yapıldı. Baraj maçları sonunda ilk üç sırayı alan Altınordu, Adana Demirspor ve PTT; ertesi sezon Millî Lig'de oynamaya hak kazandı. 1960-61 sezonunda ilk kez üç il dışındaki bir takım, Adana'nın Adana Demirspor takımı ligde mücadele etti. Fenerbahçe'nin şampiyonluğuna sahne olan sezonun sona ermesinin ardından, önceki sezonla benzer formata sahip baraj maçları gerçekleştirildi. Son üç sıradaki Altay, Altınordu ve Adana Demirspor ile üç bölgesel lig birincileri Yeşildirek, Toprakspor ve Kültürspor'un katıldığı baraj maçları sonucunda Altay ile Altınordu ligde kalırken Yeşildirek, Millî Lig'e yükseldi. Galatasaray'ın ilk şampiyonluğunu kazandığı 1961-62 sezonu sonundaki baraj maçlarında son üç sıradaki Vefa, Ankara Demirspor ve Şeker Hilâl ile bölgesel lig birincileri Beyoğlu, Hacettepe ve İzmir Demirspor yer aldı. Önceleri bu terfî maçları sonucunda gelecek sezon için bir takımın ligde mücadele etmeye hak kazanması planlanmışken daha sonra alınan kararla baraj maçlarını ilk beş sırada tamamlayan takımlar lige alınarak 1962-63 sezonu için ligdeki takım sayısı 22'ye çıkarıldı. "Kırmızı" ve "Beyaz" adlı gruplara ayrılan takımlar, çift devreli lig usulüne göre mücadele etti. Grupları ilk altı sırada tamamlayan takımlar Şampiyonluk Grubu'nda, 7. ile 9. arasında tamamlayan takımlar ise ligdeki sıralarını ortaya koyma amaçlı Klasman Grubu'nda mücadele ederken normal sezonu son iki sırada (10 ve 11.) tamamlayan dört takım ligden düştü. Şampiyonluk grubunu ilk sırada tamamlayarak üst üste ikinci şampiyonluğunu elde eden Galatasaray; kaydettiği 105 golle lig tarihinde "bir sezonda en çok gol atan takım" unvanının da sahibi oldu.

1963-64 sezonuyla birlikte 2. Lig kurulurken Millî Lig ise 1. Lig olarak anılmaya başlandı. Önceki sezondan yükselen takım olmaması sebebiyle, önceki sezon ligden düşen takımlarla birlikte ligde mücadele eden takım sayısı 18'e düştü. Önceki sezonun aksine tüm takımların bir arada yer aldığı sezonu Fenerbahçe şampiyon olarak tamamladı. Son üç sıradaki takım, ligden düşse de Türkiye Futbol Federasyonu tarafından son haftadaki Kasımpaşa karşılaşmasında şike yaptığına karar verilen Karşıyaka'nın iki puanı silindi ve Beykoz yerine ligden düşürüldü. 2. Lig'i şampiyon olarak tamamlayan Şekerspor'un da 1. Lig'de oynamaya hak kazanmasıyla birlikte 1964-65 sezonu 16 takımın mücadelesine sahne oldu. Fenerbahçe'nin şampiyonluğuyla sonuçlanan sezonu son sırada tamamlayan Altınordu, ligden düşerken 2. Lig şampiyonu Vefa, tekrar 1. Lig'e döndü. Beşiktaş'ın şampiyon olarak tamamladığı 1965-66 sezonunda ligin son iki sırasındaki takımlar küme düşerken Gençlerbirliği ligi üçüncü sırada tamamlamış ve ilk defa şampiyonluk yaşayan üç takım dışındaki bir takım, ilk üç sırada kendisine yer bulmuştu. 1963-64 sezonunda şike yaptığı gerekçesiyle ligden düşürülen Karşıyaka'nın, Danıştay kararı sonrasında 1. Lig'e alınması sonrasında 1966-67 sezonu 17 takımın katılımıyla gerçekleşti. Öte yandan 2. Lig şampiyonu Eskişehirspor ilk kez 1. Lig'de oynamaya hak kazanmıştı. Beşiktaş'ın şampiyonluğuyla geçen 1966-67 sezonunu son üç sırada tamamlayan takımlar, ligden düşerken 2. Lig'deki gruplarını lider olarak tamamlayan Bursaspor ile Mersin İdman Yurdu; ilk defa 1. Lig'de oynamaya hak kazandı. Takip eden 1967-68 sezonunda, üç il dışındaki illerden ilk defa birden fazla katılımcı sağlandı. Öte yandan bir önceki sezon Beykoz ile oynadığı ve 1-0 galip devam ettiği maçın, çıkan olaylar sebebiyle ertelenen ve daha sonradan tekrar oynanarak 1-1 sona eren maçın, kendisi lehine sonuçlanması gerektiği konusunda Danıştay'a yaptığı başvurusu kabul edilen Şekerspor da lige katılım hakkı kazanmıştı. Son katılımla birlikte 17 takıma ulaşan sezon, Fenerbahçe'nin şampiyonluğuyla sona ererken bir sonraki sezon 16 takımın kalması için son üç sıradaki takım ligden düşürülürken 2. Lig'deki gruplarını lider bitiren iki takım, 1. Lig'e yükseldi. 1968-69 sezonunda ligi Galatasaray şampiyon olarak tamamlarken ligi ikinci sırada tamamlayan Eskişehirspor; bu sıraya kadar yükselen ilk Anadolu takımı oldu. Fenerbahçe'nin şampiyon olduğu ve Samsunspor'un ilk kez 1. Lig'de mücadele ettiği 1969-70 sezonunda ikinci ve üçüncü sırayı Eskişehirspor ve Altay'ın almasıyla ilk üçte ilk defa iki Anadolu takımı birden yer almıştı.

1959 Millî Lig

Birinci ayak

10 Haziran 1959
	Galatasaray	1 - 0	Fenerbahçe	Dolmabahçe Stadyumu, İstanbul
	39' Oktay

İkinci ayak

14 Haziran 1959
	Fenerbahçe	4 - 0	Galatasaray	Dolmabahçe Stadyumu, İstanbul
	9' Gündüz  44' Erdem  70' Güven  72' Has

Sezon sıralaması

Sıra	Takım	O	G	B	M	AG	YG	GF	P	Eleme
1	Fenerbahçe	16	13	2	1	33	8	+25	28	1959-60 Şampiyon Kulüpler Kupası Birinci tur
2	Galatasaray	16	8	6	2	19	11	+8	22
3	Vefa	14	7	6	1	21	10	+11	20
4	Beşiktaş	14	8	2	4	22	16	+6	18
5	Ankara Demirspor	14	4	8	2	12	11	+1	16
6	Altay	14	5	5	4	18	16	+2	15
7	Göztepe	14	5	5	4	23	21	+2	15
8	İzmirspor	14	4	5	5	11	12	-1	13
9	Ankaragücü	14	5	3	6	16	19	-3	13
10	Karagümrük	14	4	4	6	17	17	0	12
11	Hacettepe	14	5	1	8	14	20	-6	11
12	Beykoz	14	3	4	7	17	21	-4	10
13	Karşıyaka	14	2	6	6	13	21	-8	10
14	Gençlerbirliği	14	1	8	5	10	18	-8	10
15	Adalet	14	1	7	6	12	21	-9	9
16	İstanbulspor	14	1	4	9	6	22	-16	6

Notlar:

1.  Atılan ve yenilen gol oranı: Altay 18/16=1,125 Göztepe 23/21=1,095 (Altay önde)
2.  Atılan ve yenilen gol oranı: İzmirspor 11/12=0,917 Ankaragücü 16/19=0,842 (İzmirspor önde)
3.  Atılan ve yenilen gol oranı: Karşıyaka 13/21=0,619 Gençlerbirliği 10/18=0,556 (Karşıyaka önde)

Gol Krallığı

Sıra	Ülke	Futbolcu	Takım	Gol
1		Metin Oktay	Galatasaray	11
2		Şirzat Dağcı	Beykoz	9
3		Nazmi Bilge	Beşiktaş	8
4		Özer Kanra	Vefa	7
5		Lefter Küçükandonyadis	Fenerbahçe	6
		Seyfi Kentkuran	Ankaragücü
		Erdoğan Gökçen	Adalet
		Recep Adanır	Beşiktaş

Sıra	Takım g t d	O	G	B	M	AG	YG	GO	P	Eleme veya küme düşme
1	Beşiktaş	38	29	7	2	68	15	4,533	65	1960-61 Şampiyon Kulüpler Kupası birinci tur
2	Fenerbahçe	38	27	6	5	88	38	2,316	60	Balkan Kupası
3	Galatasaray	38	24	10	4	74	23	3,217	58
4	İzmirspor	38	17	13	8	62	43	1,442	47
5	Ankara Demirspor	38	17	11	10	49	40	1,225	45
6	İstanbulspor	38	13	16	9	39	34	1,147	42
7	Feriköy	38	18	4	16	44	39	1,128	40
8	Karagümrük	38	15	10	13	50	45	1,111	40
9	Karşıyaka	38	14	8	16	43	50	0,860	36
10	Gençlerbirliği	38	12	11	15	50	46	1,087	35
11	Vefa	38	11	13	14	37	60	0,617	35
12	Şekerhilâl	38	12	10	16	35	43	0,814	34
13	Kasımpaşa	38	9	15	14	31	48	0,646	33
14	Göztepe	38	9	14	15	35	41	0,854	32
15	Ankaragücü	38	9	12	17	39	56	0,696	30
16	Beykoz	38	8	14	16	35	56	0,625	30
17	Altay	38	10	8	20	44	66	0,667	28
18	Adalet	38	9	8	21	26	48	0,542	26	Bölgesel lige
19	Hacettepe	38	8	8	22	40	68	0,588	24
20	Altınordu	38	6	8	24	36	66	0,545	20	Play-out ile ligde kaldı

Sonuçlar

Renkler: Yeşil = İç saha galibiyeti; Sarı = Beraberlik; Kırmızı = Deplasman galibiyeti.

Baraj maçları

Sıra	Takım	O	G	B	M	A	Y	±	Puan	Notlar
1	Altınordu	6	3	2	1	9	3	+6	8	Millî Lig'de kaldı
2	Adana Demirspor	6	4	0	2	13	8	+5	8	Millî Lig'e yükseldi
3	PTT	6	4	0	2	13	8	+5	8	Millî Lig'e yükseldi
4	Hacettepe	6	3	1	2	10	9	+1	7	Ankara Profesyonel Ligi'ne düştü
5	Adalet	6	2	1	3	7	8	-1	5	İstanbul Profesyonel Ligi'ne düştü
6	Eyüp	6	1	2	3	4	13	-9	4	İstanbul Profesyonel Ligi'ne düştü
7	İzmir Demirspor	6	0	2	4	2	9	-7	2	İzmir Profesyonel Ligi'ne düştü

Gol krallığı

Sıra	Ülke	Futbolcu	Takım	Gol
1		Metin Oktay	Galatasaray	33
2		Fikri Elma	Ankara Demirspor	20
3		Lefter Küçükandonyadis	Fenerbahçe	16
		Suat Mamat	Galatasaray
		Arif Özataç	Beşiktaş
4		Cenap Doruk	İzmirspor	15
		Can Bartu	Fenerbahçe
		Güven Önüt	İzmirspor
5		Abdullah Topluoğlu	Ankara Demirspor	14
		Birol Pekel	Beşiktaş
		Ogün Altıparmak	Karşıyaka

------------------------ 0 ------------------------

1960-1961 Millî Lig

Sıra	Takım g t d	O	G	B	M	AG	YG	GO	P	Eleme veya küme düşme
1	Fenerbahçe	38	26	9	3	81	29	2,793	61	1961-62 Şampiyon Kulüpler Kupası birinci tur
2	Galatasaray	38	27	6	5	75	19	3,947	60	Balkan Kupası
3	Beşiktaş	38	22	11	5	61	26	2,346	55
4	Beykoz	38	17	15	6	51	34	1,500	49
5	Gençlerbirliği	38	16	13	9	54	39	1,385	45
6	Vefa	38	13	15	10	32	39	0,821	41
7	İzmirspor	38	11	16	11	34	34	1,000	38
8	Ankara Demirspor	38	12	14	12	37	41	0,902	38
9	Karagümrük	38	12	11	15	48	48	1,000	35
10	Feriköy	38	11	13	14	32	38	0,842	35
11	Ankaragücü	38	10	14	14	44	47	0,936	34
12	Kasımpaşa	38	10	14	14	27	35	0,771	34
13	Göztepe	38	12	10	16	40	53	0,755	34
14	İstanbulspor	38	11	11	16	42	54	0,778	33
15	Şekerhilâl	38	9	14	15	33	53	0,623	32
16	Karşıyaka	38	10	11	17	45	50	0,900	31
17	PTT	38	8	15	15	32	46	0,696	31
18	Altay	38	8	14	16	30	46	0,652	30	Play-out ile ligde kaldı
19	Altınordu	38	5	16	17	31	53	0,585	26
20	Adana Demirspor	38	3	12	23	21	66	0,318	18	Bölgesel lige

Sonuçlar

Renkler: Yeşil = İç saha galibiyeti; Sarı = Beraberlik; Kırmızı = Deplasman galibiyeti.

Baraj maçları

Sıra	Takım	O	G	B	M	A	Y	±	Puan	Notlar
1	Altay	5	3	1	1	5	1	+4	7	Millî Lig'de kaldı
2	Altınordu	5	3	1	1	8	5	+3	7	Millî Lig'de kaldı
3	Yeşildirek	5	3	1	1	8	5	+3	7	Millî Lig'e yükseldi
4	Adana Demirspor	5	2	0	3	6	7	-1	4	Bölgesel Lig'e düştü
5	Toprakspor	5	1	2	2	5	6	-1	4	Bölgesel Lig'de kaldı
6	İzmir Kültürspor	5	0	1	4	5	13	-8	1	Bölgesel Lig'de kaldı

Gol krallığı

Sıra	Ülke	Futbolcu	Takım	Gol
1		Metin Oktay	Galatasaray	36
2		Lefter Küçükandonyadis	Fenerbahçe	17
		Abdullah Ünal	PTT
3		Zeynel Soyuer	Gençlerbirliği	16
		Şenol Birol	Beşiktaş
		Ertan Adatepe	Ankaragücü
4		Ahmet Özacar	Beşiktaş	15
5		Yüksel Gündüz	Fenerbahçe	14